برای پیاده‌سازی فرآیندکاوی Process Mining در سازمان‌ها، متدولوژی‌های مختلفی وجود دارد که مراحل و فعالیت‌های مورد نیاز را برای اجرای موفق این فرآیند تعریف می‌کنند. در زیر، تعدادی از متدولوژی‌های رایج در پیاده‌سازی فرآیندکاوی در سازمان‌ها را بررسی میکنیم: متدولوژی CRISP-DM (Cross-Industry Standard Process for Data Mining): این متدولوژی یک مدل کلی برای پیاده‌سازی فرآیندکاوی و استخراج دانش از داده‌هاست. این متدولوژی شامل شش مرحله اصلی است که عبارتند از: فهم کسب‌وکار، فهم داده‌ها، آماده‌سازی داده‌ها، مدل‌سازی، ارزیابی و تفسیر نتایج. متدولوژی TDSP (Team Data Science Process): این متدولوژی توسط مایکروسافت ارائه شده است و شامل مجموعه‌ای از فعالیت‌ها و مراحل برای اجرای پروژه‌های فرآیندکاوی است. این متدولوژی شامل فعالیت‌هایی مانند تعریف هدف، جمع‌آوری و آماده‌سازی داده‌ها، مدل‌سازی، ارزیابی و انتشار مدل‌ها است. متدولوژی CRISP-PM (Cross-Industry Standard Process for Process Mining): این متدولوژی برای پیاده‌سازی فرآیندکاوی واقعی در سازمان‌ها طراحی شده است. این متدولوژی شامل مراحلی مانند شناخت داده‌ها، استخراج فرآیندها، تحلیل فرآیندها و بهبود فرآیندها است.